duci.ro FORUM at forumco.com
duci.ro FORUM at forumco.com
Home | Profile | Register | Active Topics | Active Polls | Members | Private Messages | Search | FAQ
Username:
Password:
Save Password
Forgot your Password?




 All Forums
 eLearning Projects
 Utilizarea Mo7Ro īn calcule de chimie cuantica
 Prezentarea rezultatelor grafice
 Forum Locked
 Send Topic to a Friend
 Printer Friendly
Author  Topic   

duci
Forum Admin


210 Posts

Posted - 07/18/2005 :  15:13:18  Show Profile  Email Poster Send duci a Private Message
INTRODUCERE

Programele de mecanica moleculara corespund mai degraba unui model clasic al legaturii de valenta iar proprietatile specifice unei grupari par sa fie independente de molecula ca un īntreg. Deci, daca parametrizarea semiempirica nu descrie suficient de bine toate situatiile, atribuirea risca sa fie gresita. Pe de alta parte, aceata abordare, permite identificarea gruparilor functionale din moleculele organice pornind de la spectrul lor de vibratie (īn domeniul infrarosu).
Pentru substantele organice, analiza spectrelor īn infrarosu (Raman) poate conduce la identificarea formulei chimice a substantei masurate.
Moleculele continānd mai multe duble legaturi izolate (duble legaturi conjugate) pot fi usor interpretate prin metodele mecanicii moleculare utilizānd constantele de forta aplicate alchenelor simple. In moleculele cu duble legaturi conjugate sunt corelate geometria si extensia conjugarii. O modalitate de abordare ar fi definirea parametrilor specifici pentru diferite tipuri de atomi si legaturi corespunzatoare oricarei situatii structurale. Aceasta cale de abordare este potrivita pentru structuri de tipul ciclului benzenic, a caror geometrie nu se modifica semnificativ īn urma substitutiei.
Pentru alte tipuri de structuri, se efectueaza calculul orbitalilor moleculari, din care rezulta tipul legaturilor, care sunt apoi folosite pentru calculele de mecanica moleculara.

CALCULUL ORBITALILOR MOLECULARI SI AL SPECTRULUI DE VIBRATIE

I. Construirea moleculei se poate face cu programul ChemSketch. Se face optimizarea geometrica si rezultatul este exportat īn format MOL.
II. Datele īn format MOL sunt transformate īn format MOPAC folosind Babel.
III. Flosim programul Mo7RO pentru vizualizarea nivelelor energetice electronice si respectiv calculul frecventelor de vibratie.

Pentru specificarea secventei de calcul, programul Mo7RO foloseste, ca si MOPAC, cuvinte cheie a caror lista este data.
Cuvinte cheie
O combinatie de cuvinte cheie pentru optimizarea geometrica este
PM3 PRECISE EF
unde EF inseamna 'Eigenvector following', metoda folosita pentru corectie. La sfarsitul calculului sunt calculati si orbitalii moleculari.
Pentru calculul vibratiilor, combinatia de cuvinte cheie este:
PM3 XYZ THERMO(298,298) ROT=2 FORCE
ROT este cuvantul cheie pentru grupul punctual, dupa notatia de mai jos.

C1,CI,CS .......... 1 D2, D2D, D2H ...... 4
C2, C2V, C2H ...... 2 D3, D3D, D3H ...... 6
C3, C3V, C3H ...... 3 D4, D4D, D4H ...... 8
C4, C4V, C4H ...... 4 D6, D6D, D6H ...... 12
C6, C6V, C6H ...... 6 S6 ................ 3
C(INF)V ........... 1 D(INF)H ........... 2
T, TD ............. 12 OH ................ 24


Molecula de benzen


Structura benzenului, optimizata geometric folosind MoRO.


Structura benzenului, inainte si dupa optimizare, vizualizata in tehnica OpenGL.


Nivelele energetice moleculare, calculate pentru molecula de benzen folosind pachetul Mo7Ro.



Comparatia spectrului experimental cu cel calculat, pentru atribuirea frecventelor de vibratie, folosind programul VVV din pachetul Mo7RO.


Prof.Dr. D. Ciurchea
   Topic   
 Forum Locked
 Send Topic to a Friend
 Printer Friendly
Jump To:
duci.ro FORUM at forumco.com © 2000-05 ForumCo.com Go To Top Of Page
Generated in 0.17 seconds. Hello from Duci !!! Snitz Forums 2000
RSS Feed 1 RSS Feed 2
Powered by ForumCo 2000-2008
TOS - AUP - URA - Privacy Policy
ForumCo Free Blogs and Galleries
Signup for a free forum or Go Banner Free